时间线索混乱,历史人物跨时空相遇。例如第一集,华佗为司马懿夫人剖腹产生下司马昭,而历史记载司马昭生于公元211年,而华佗早在公元208年已去世,相差了三年。剧情由华佗引出“衣带诏”事件,而历史上领受汉献帝“衣带诏”的董承死于公元200年,也早于上述两个时间。随着剧情发展,曹操因怀疑司马懿之父勾结袁绍而将其下狱,但司马昭出生时袁绍已去世9年。
人物塑造与史实有偏差。在观众以往的认知中,司马懿工于算计、狡诈多疑。而在《军师联盟》中,司马懿过于“完美”,是一位对外忠诚、智慧、才学,对内孝顺、尊长的忠义之人。不少网友表示,“这是给司马懿洗白的节奏吗?”
在家庭生活方面,司马懿和夫人张春华各种“撒狗粮”,甚至上演“小拳拳捶你胸口”,但实际上,司马懿宠爱的是柏夫人,反而疏远张春华。《晋书》记载,有次张春华去探病,司马懿当着妾侍柏夫人的面骂:“老东西,哪用得着烦劳你出来!”张春华羞惭怨恨,想要绝食自杀,她的几个孩子也都不吃饭。司马懿忙赔礼道歉,后来他跟人说:张春华不值得可惜,只是担心苦了孩子。
此外,网友还质疑该剧将汉献帝塑造得过于“低能”,甚至有些“脸谱化”,只是为了反衬“挟天子以令诸侯”的曹操的强悍与阴狠。历史上,身为“傀儡”的汉献帝有软弱的一面,却并不“低能”,宋元之际的史学家胡三省曾评价:汉献帝并不是一个昏庸无能之辈,之所以在他手里终结东汉一朝,是因为他只不过是一空头皇帝而已,“威权去已”。